A partir de marzo de 1857, Costa Rica pasa a liderar a todo el ejército Aliado Centro Americano, bajo el mando del general costarricense José Joaquín Mora, por decisión de los demás generales aliados. El 5 de marzo de 1857, El general Nicaragüense Tomás Martínez notifica en el Fuerte San Carlos al General costarricense José Joaquín Mora su nombramiento como General en Jefe de los Ejércitos Centro Americanos, ese mismo día el General Nicaragüense Fernando Chamorro, desaloja al General filibustero Sander y su división de 300 hombres de la hacienda de El Jocote, en el Llano de El Coyol, venciéndolos finalmente en el llano de la Cruz, en la Batalla del Jocote, por otro lado en la Vía del Tránsito el mayor costarricense Juan Estrada al mando 150 soldados costarricenses, derrota al coronel filibustero Caycee, mientras tanto en la ciudad de Rivas un ataque de las fuerzas aliadas es repelido por los filibusteros.