Al mismo tiempo que la política exterior de Felipe II hacía aguas a consecuencia de sus interminables guerras encontró un nuevo motivo de preocupación ,pero esta vez, dentro de sus reinos peninsulares. Su padre Carlos V ya le había advertido de que no sería una tarea fácil el gobernar sus reinos orientales a causa de sus privilegios y derechos forales. El Reino de Aragón era gobernado por el rey mediante un virrey y con el apoyo del Consejo de Aragón. Uno de los privilegios regios era el nombramiento de este y de todos los consejeros, aunque estos habían de ser miembros de la nobleza aragonesa, lo que limitaba el margen de maniobra del rey que también se veía limitado por toda una red de leyes locales y prácticas legales. En lo que respecta a la justicia estaba por un lado la Audiencia de Zaragoza que impartía la justicia real y también El Tribunal de Justicia formado por 5 miembros nombrados por la Corona y 16 por las Cortes Aragonesas y a cuyo frente se encontraba el Justicia de Aragón.
